Esta década marcó una diversificación importante en la formación de la Escuela Naval. Por un lado, inició la formación de Oficiales Mercantes para tripular los buques de la ya extinta Flota Grancolombiana, con apoyo de una misión chilena, a cargo del Capitán de Corbeta Juan Bascopé Guzmán. En 1958 graduó su primera promoción de Oficiales de Infantería de Marina, brazo fuerte de la Armada de Colombia.

Fue en esta misma década que iniciaron las actividades de lo que hoy se conoce como movilidad académica saliente, con el envío de Cadetes Navales a escuelas navales de Estados Unidos, Chile, Italia y Suecia. Y el envío de Oficiales a realizar pregrados y posgrados en institutos y universidades extranjeras.

El entrenamiento naval, desde sus inicios se ha apoyado con unidades a flote de la Marina Colombiana y veleros. En 1947 el gobierno adquirió la fragata ARC “Almirante Padilla” como buque escuela y en 1968 adquirió el buque ARC “Gloria”, que hoy por hoy es el embajador de Colombia ante el mundo y representa una herramienta de gran trascendencia en la formación del Cadete Naval. A bordo de él, se realiza un semestre académico, donde los jóvenes pueden aplicar los conocimientos adquiridos en el aula, al tiempo que conocen otras culturas alrededor del mundo.

La inclusión de la mujer en un oficio que nació siendo sólo para varones, se empezó a realizar en la década de los 80s, cuando la Escuela Naval graduó el primer contingente de mujeres Oficiales del Cuerpo Administrativo en 1984. Sin embargo, fue hasta 1997 cuando se recibió al primer grupo de mujeres para formarse como Oficiales de línea. En la actualidad, las mujeres forman parte importante de la institución, ejerciendo cargos de gran relevancia, entre los que resaltan el mando de unidades a flote de la Armada de Colombia.

El intercambio de experiencias de los Oficiales graduados en el exterior y la gestión del mando, permitió fortalecer las capacidades de capacitación académica, permitiendo expedir en 1964 títulos de Ingeniería Naval, y luego la creación de la Facultad de Oceanografía y de Administración Marítima. En 1974 cambió su denominación a Escuela Naval de Cadetes “Almirante Padilla”. Y luego, mediante la Resolución 11893, del 20 de octubre de 1977, la Escuela Naval de Cadetes recibió el reconocimiento por parte del Ministerio de Educación Nacional como Universidad, convirtiéndola en la única Institución de Educación Superior del sector naval-militar con este carácter.

El desarrollo de la academia y la búsqueda de la excelencia le han dado a través de los años, un rol adicional a la Escuela Naval de Cadetes para la capacitación de profesionales en áreas que apuntan al sector marítimo, portuario y fluvial.

En 1992 se empezaron a dictar programas de posgrados en el nivel de especializaciones y en 2007 en el nivel de maestrías.

La modernización de infraestructura se impulsó en la segunda década del siglo XXI, con el proyecto Alfa Sextantis, que aún se encuentra en funcionamiento, con la puesta en marcha de una segunda fase para potencializar las instalaciones de bienestar y académicas de la Escuela Naval.

En el año 2015 se puso en funcionamiento del Centro de Investigación, Desarrollo e Innovación para Actividades Marítimas que ha consolidado las capacidades para la investigación, el desarrollo y la innovación autónoma en escenarios virtuales y ambientes simulados, de la Escuela Naval. Abriendo campo a la oferta de servicios no sólo para el resto de las unidades de la Armada de Colombia, sino también para el sector empresarial y la comunidad marítima que destaca en la institución procesos para la gestión de conocimientos acorde a las tendencias tecnológicas y necesidades del mundo actual.

En el camino hacia la excelencia, la Escuela Naval de Cadetes obtuvo la Acreditación Institucional en alta calidad, por un período de seis años, mediante resolución número 24403 del 10 de noviembre de 2017, por parte del Ministerio de Educación Nacional, posicionándola entre el selecto grupo de las mejores Instituciones de Educación Superior en Colombia. Esto representa grandes retos para la institución que trabaja arduamente por la mejora continua de sus procesos de capacitación y formación de Oficiales y gente de mar.

En 2019 se creó la Facultad de Marina Mercante y en el año 2020 el Ministerio de Educación Nacional autorizó la vinculación de la Escuela Naval de Cadetes en el Doctorado Interinstitucional en Ciencias del Mar, mediante Resolución 009910, convirtiéndose en el primer doctorado ofrecido por una escuela de formación del sector Defensa.

En el año 2024, el Ministerio de Educación Nacional renovó la Acreditación en Alta Calidad Institucional, mediante Resolución 007469 del 15 de mayo de 2024, por 8 años.

Hitos importantes que han permitido a la Armada de Colombia, a través de la Escuela Naval de Cadetes, transformar y posicionar al Caribe colombiano en un clúster de educación marítima internacional.